动物双歧杆菌是人体肠道的原籍菌，具有众多益生功能。动物双歧杆菌被广泛的应用于发酵乳制品中。动物双歧A6（BAA6）分离自广西巴马长寿老人的粪便。研究表明该菌株具有极强的耐酸性。通过全基因组测序我们发现BAA6具有一个1,958,651 bp的环状DNA分子，不含有质粒，GC含量为60.5%。BAA6共编码了1622个CDSs，52个tRNA，16个rRNA。在BAA6的基因组中含有F₁F₀ ATP合成酶，硫胱醚β裂合酶、硫胱醚γ合成酶、硫胱醚β合成酶等已经报道与耐酸有关的基因。通过与其他长双歧杆菌、青春双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、两歧双歧杆菌等耐酸性差的菌株进行基因组的对比发现，精氨酸/鸟氨酸转运子、甲酰辅酶A转移酶，乙酰辅酶A脱羧酶等一些耐酸相关的基因只出现在了耐酸性强的动物双歧的基因组中，而在不耐酸的双歧种属的基因组中没有出现。这为解析动物双歧为何具有极强的耐酸性提供了一些线索。

Complete genome sequence of Lactobacillus salivarius Ren, a probiotic strain with anti-tumor activity

唾液乳杆菌是出现在人体和动物肠道中的一种乳酸菌。研究表明唾液乳杆菌具有抗炎、免疫调节、抑菌等生物活性。唾液乳杆菌Ren是分离自广西巴马长寿老人粪便的益生菌。在体外实验中，唾液乳杆菌Ren可以降解4-NQO的基因毒性。在体内实验中，它可以抑制由4-NQO诱导的口腔癌以及由DMH诱导的大鼠结肠癌。通过全基因组测序发现唾液乳杆菌还有一个1，751,565 bp的染色质DNA分子，同时还含有两个质粒。基因组共编码了1906个CDSs，77个 tRNA，21个 rRNA。实验表明唾液乳杆菌Ren能够通过将4-NQO转化为4-HAQO，再将4-HAQO降解为无毒物质来清除4-NQO的基因毒性。唾液乳杆菌Ren的这种清除4-NQO基因毒性的作用主要来自于其分泌的过氧化氢。与另外一株不具有清除4NQO基因毒性的唾液乳杆菌ATCC11741相比，Ren菌株含有一个编码α-甘油磷酸盐氧化酶的基因，该基因只存在于Ren的基因组中并且参与过氧化氢代谢，这为进一步解析Ren菌株的基因毒性清除机制提供了线索。

Complete genome sequence of Streptococcus thermophiles MN-BM-A01, a strain with high exopolysaccharides production

嗜热链球菌是在发酵乳制品工业中应用非常广泛的菌株。它可以利用乳糖产生有机酸，使介质的酸度下降达到生产发酵乳制品的目的，还能产生胞外多糖（EPS）等有益成分。EPS不仅可以给发酵乳制品带来好的口感、质构和流变学特性，而且已有研究报道EPS具有抗炎、调节免疫等益生功能。嗜热链球菌MN-BM-A01分离自我国甘肃甘南地区一种传统的发酵乳。用它发酵的酸乳具有良好的风味和粘度。而且，该菌可产生大量的EPS。经过全基因组测序发现MN-BM-A01基因组大小为1.88M，基因组中不含有质粒，其GC含量为39.1%。基因组共编码了1704个蛋白，6个rRNA操纵子，67个tRNA基因。该基因组中含有一个36.0k的EPS合成基因簇，含有39个基因和假基因。基因簇以deoD基因开始，这一基因编码嘌呤核苷酸磷酸化酶，目前推测该酶催化核苷的合成和降解。随后四个基因分别与epsA, epsB, epsC, epsD具有非常高的相似度，这些基因参与EPS合成的转录调控、重复单元聚合、链长的决定等过程。编码半乳糖基转移酶，糖基转移酶，己糖基转移酶以及一些与糖基转移酶高度同源的基因可能参与糖基的转运以及EPS重复单元的构建。另外，在EPS基因簇中出现了6个转移酶，这说明EPS基因簇具有很高的水平转移性。此外，EPS基因簇中含有一个编码UDP-半乳糖变位酶的基因。这一基因在嗜热链球菌EPS基因簇中出现的较少，该酶可将UDP-吡喃半乳糖变成UDP-呋喃半乳糖，为EPS的合成提供单糖原料。